扬州市疾病预防控制中心是在市卫生局领导下的副处级全民事业单位（同时挂扬州市卫生检测中心牌子），组建于2003年1月，是负责全市疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与控制、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术指导与应用研究、科学研究的技术服务中心，也是南京医科大学(MPH)、南京中医药大学、江苏大学、南通大学、徐州医学院、蚌埠医学院教学实习基地。
中心内设急性传染病防制科、免疫规划科、艾滋病防制科、慢性传染病防制科、慢性非传染病防制科、血吸虫病防治所、综合卫生监测科、职业病防治科（健康监护科）、检验科、健康教育所、开发区分中心、预防医学门诊部、皮肤病性病防治所、医学检验部等14个业务科室 ；有办公室（保卫科）、组织人事科、财务科、质量与信息管理科等4个职能科室。中心现有卫技人员112余人，其中高级职称占32%以上，中级职称占50%，有5人次获得过国家级荣誉，有28人次获得过省级荣誉，有22人次获得过市级荣誉。中心拥有气质联用仪、全自动荧光酶标免疫测试系统、全自动生化分析仪、原子吸收分光光度计、高效液相色谱分析仪等精密仪器设备，建有千级微生物检验净化室、二级生物安全实验室、艾滋病确证中心实验室、国家流感监测哨点实验室，聚合酶链式反应实验室（PCR），可进行艾滋病、流感等病毒培养和检测、微生物检验和鉴定、微量或超微量元素化学分析、放射剂量测定、环境卫生质量检测等高难度的检验分析。亦可进行千余次临床检验检测服务。
中心是江苏省疾控系统唯一的中国科协工程学联合会“室内空气质量”专业委员会委员单位;是国家认可实验室，出具的检验检测报告可得到美、日、英、德、法等50多个国家和地区的承认；是市属单位唯一具有职业卫生技术服务资质的单位。
中心成立以来，始终坚持“预防为主”的工作方针，以创建一流的地级市疾病预防控制中心为目标，开展了大量卓有成效的工作：以禽流感、艾滋病、结核病、血吸虫病等重大传染病防制工作为重点，大力开展传染病、地方病和慢性病防治工作，取得了突出成就；初步建立起一支相对稳定、功能齐全、反应迅速、网络完善的突发公共卫生事件应急处理队伍，对重大疫情、中毒和灾害性等公共卫生突发事件的应急处理能力显著提高。
中心承担全市各类传染病、慢性非传染疾病及有关常见病的防治，消毒及病媒生物防制，食品、化妆品、涉水产品、一次性医疗卫生用品等与百姓健康密切相关的生活用品的卫生学检测、评价及劳动卫生和职业病防治、放射防护、从业人员预防性健康体检、建设项目预防性卫生学评价等预防医学领域工作，全市重大活动的公共卫生保障工作，承担对全市传染病疫情、污染、中毒等卫生突发事件的调查处理、应急控制和救灾防病工作。
扬州市疾病预防控制中心将在市委、市政府和市卫计委领导下继续贯彻“预防为主”的方针，不断开拓创新、锐意进取，增强服务意识和质量意识，为全市人民健康服务，为全市经济建设和社会发展服务。